Septembrie 1964 a fost înfiinţat sub numele de „Școala Medie nr. 9”, ca urmare a extinderii cartierului din această zonă şi ca urmare a generalizării învăţământului de 8 ani.
1966 se înfiinţează clase speciale de fizică, fapt ce sporeşte prestigiul liceului, care şcolarizează elevi din toată Moldova.
1967 apar clase speciale de biologie.
1969 liceul primeşte numele marelui biolog „Emil Racoviţă”
1970 devine şcoală experimentală pe lângă Institutul de Știinţe Pedagogice-filiala Iaşi.
1975 ca urmare a generalizării învăţământului de 10 ani şi a unei reorganizări a sistemului de învăţământ şcoala devine Liceul de Știinţe ale Naturii „Emil Racoviţă”
1991 ca urmare a profundelor schimbări generate de Revoluţia din decembrie 1989, a reformelor din învăţământul românesc, se revine la vechea organizare, unitatea de învăţământ devenind Liceul Teoretic „Emil Racoviţă”.
1992 sunt înfiinţate primele clase bilingve şi cu predare intensivă în limba engleză şi limba franceză.
2001 ca o recunoaştere a calităţii procesului instructiv-educativ din această şcoală şi a performanţelor obţinute de-a lungul anilor, liceul primeşte titlul onorific de Colegiul Naţional „Emil Racoviţă”.
